Студиските програми на Педагошкиот факултет се дизајнирани според принципите на Болоњскиот систем. Овие студиски програми ќе се прилагодат на динамиката на реформите во образовниот систем во земјата и ќе бидат усогласени со современите трендови во образованието. Целта на факултетот е студентите да стекнат:

• Конкуренција на европскиот академски пазар;
• Специјализација преку развој на компетенции;
• Меѓународни програми;
• Академска мобилност.

На Педагошкиот факултет се организираат:

• Интерактивни предавања и дебати;
• Учење во лабораторија и на терен;
• Настава преку ИТ програма;
• Нов пристап до ,,Студенти на фокус”

Во првиот циклус на студии на Педагошкиот факултет се акредитирани овие  студиски програми:

1. Одделенска настава
2. Предучилишно воспитување
3. Професионална педагогија
4. Специјална едукација и рехабилитација
5. Логопедија

Во вториот циклус на студии акредитирани се следните студиски програми:

1. Педагогија – насока Предучилишно поспитување
2. Педагогија – насока Елементарно образование
3. Педагогија – насока Иновации во наставата
4. Педагогија – насока Менаџмент во образованието
5. Социјална педагогија
6. Специјална едукација и рехабилитација – насока Инклузивно образование
7. Специјална едукација и рехабилитација – насока Аутизам и интелектуална попреченост
8. Специјална едукација и рехабилитација – насока Логопедија и оштетување на слухот

Во рамките на Педагошкиот факултет се организира студиска програма Педагошко-психолошка и методска подготовка која трае еден семестар.