Programet studimore të Fakultetit Pedagogjik janë dizajnuar sipas parimeve të Sistemit të Bolonjës. Qëllimi është që programet studimore t’i përshtaten dinamikës së reformave në sistemin arsimor në vend, si dhe përshtatja përballë tendencave bashkëkohore në arsim. Ky fakultet synon që studentët të arrijnë:
● Konkurrim në tregun akademik europian;
● Profilizim përmes zhvillimit të kompetencave;
● Programe të pranuara ndërkombëtarisht;
● Mundësi lëvizjeje akademike.

Në Fakultetin Pedagogjik organizohen:
● Ligjërata interaktive dhe debatuese;
● Mësimnxënie në laboratorë dhe në terren;
● Mësimdhënie përmes TI-së;
● Qasja e re: “Studenti në qendër”.

Në ciklin e parë të studimeve, në Fakultetin Pedagogjik janë të akredituara këto programe studimore:
1. Mësim Klasor
2. Edukim Parashkollor
3. Pedagogji Profesionale
4. Edukim Special dhe Rehabilitim
5. Logopedi

Në ciklin e dytë të studimeve janë të akredituara këto programe studimore:
1. Pedagogji – drejtimi Edukim Parashkollor
2. Pedagogji – drejtimi Arsimi Elementar
3. Pedagogji – drejtimi Inovacionet në Mësim
4. Pedagogji – drejtimi Menaxhimi në Arsim
5. Pedagogji Sociale
6. Edukim Special dhe Rehabilitim – drejtimi Arsim Inkluziv
7. Edukim Special dhe Rehabilitim – drejtimi Autizmi dhe Aftësia e Kufizuar Intelektuale
8. Edukim Special dhe Rehabilitim – drejtimi Logopedia dhe Dëmtime në Dëgjim

Në kuadër të Fakultetit Pedagogjik organizohet edhe programi studimor Përgatitje pedagogjike–psikologjike dhe metodike, i cili zgjat një semestër.